1.每周3次（星期一、三、五或二、四、六），临睡前用药。在医生指导下合理用药以发挥本品的最大疗效。建议用药前和用药后洗手。咪喹莫特乳膏采用单剂量或多剂量包装，每包乳膏（或250mg乳膏）可涂抹面积为20cm2的疣体，避免过量使用本品。2.临睡前取适量药膏，均匀涂抹一薄层于疣体部位，轻轻按摩直到药物完全吸收，并保留 6-10小时，用药部位不要封包。3.在涂药膏后6-10小时请勿洗澡；6-10小时后，用清水或中性肥皂将药物从疣体部位洗掉。4.患者应持续使用药膏，直到疣体完全清除；疣体最快2-4周清除，一般多在8-12周清除，5.用药后局部有轻度红斑者，可不必停药而持续使用；如患者感到全身不适或出现较为明显的局部皮肤反应（如较明显的水肿、糜烂、疼痛等）时，应停用药物数次，待反应减轻后 再继续用药。用药最多不超过16周。
米奎莫特乳膏可以去除尖锐湿疣的疣体，对于用药以后还有疣体长出的，可以继续用药或者是采取激光，冷冻等方式将疣体去除。尖锐湿疣的患者在疣体去除以后，还要使用干扰病毒合成的药物进行治疗，因为它是人乳头瘤病毒感染引起的，仅仅去除疣体只是治标不治本。
